Det blev två bom i första skyttet, ytterligare två i andra, och en slutlig 36:e plats.
Nilsson var drygt en och en halv minuter efter norska vinnaren Emilie Ågheim Kalkenberg.
Mönstret var detsamma som det varit de senaste veckorna: snabb åktid, men sämre skytte. Hon var tredje snabbast i spåret.
27-åringen har som bäst varit 21:a i sprint tidigare i IBU-cupen.
Bästa svenska blev Elisabeth Högberg på femte plats, och 21-åriga Ella Halvarsson tog en fin tiondeplacering.
På lördagen körs ytterligare en sprint i Obertilliach innan tävlingarna avslutas med stafetter på söndag.