Edson Junior Silva Daio och Jacob Kroba gjorde mål för Boden City, och Robert Fahlman för Munksund-Skuthamn.
Det här var Munksund-Skuthamns fjärde uddamålsförlust den här säsongen.
Med en omgång kvar är Munksund-Skuthamn på sjätte plats i tabellen, och Boden City leder serien.
Motståndare i sista omgången för Munksund-Skuthamn är Kalix. Lagen möts lördag 5 oktober 14.00 på Furuvallen.