Pajala från Piteå Elit var bra med inledningsvis. Hon fick rygg på Justyna Kowalczyk och låg två i inledningen.
I första stigningen tappade hon till en tredjeplats men hade ändå en bra position inför fortsättningen.
Men i utförsåkningen syntes de tydligt att Pajala hade sämre skidor än konkurrenterna och hon tappade mark.
Sedan tröt orken rejält och Magdalena Pajala var bara sexa i mål. Därmed är hon utslagen.
– Det är tungt, det här var inte vad jag tänkt mig. Jag vet att jag kan så mycket mer. Det är riktigt surt att det blev så här. Jag tappade mycket i första kurvan utför och upplever lite att mitt klister låg i, säger hon till SVT.
Tidigare på dagen gjorde Piteååkaren ettstabilt sprintkval och hade inga problem att gå vidare.
– Än så länge känns det väldigt bra, säger hon till PT:s utsände.
– En god känsla och grym stämning efter banan som ger massor av energi.
Pajala åkte i mål på 3,29,6 och kommer att kvala in som sannolikt 11 av 30 som går vidare.
Stina Nilsson kvalade in som femma, Ida Ingemarsdotter 13:e, Hanna Falk 15:e.
Bäst i kvalet var Justyna Kowalczyk som var 4,75 sekunder snabbare än Pajala.
Klockan 15.15 inleds kvartsfinalerna.
– Jag vill åka offensivt och vara med från start och ligga långt fram i fältet så jag är med och krigar mot slutet, säger Pajala till SVT.