Magdelena inledde hyfsat och låg vid skidbytet på en tionde plats.
Då hade hon i och för sig tappat en hel del på klubbkamraterna Jennie Öberg och Mia Eriksson.
Och till slut blev hon även passerad av klubbkamraten Emma Sjölander som blev 14:e - två placeringar bättre än Magdalena.
- Det blev en rätt så tuff dag i spåret, men det kan ha sin förklaring, säger Magdalena och berättar att hon haft problem med en visdomstand senaste veckan och tagit antibiotika.
- Inte den perfekta uppladdningen inför ett SM, men jag hoppas att det vänder och blir bättre.
Stafett i dag
I dag avgörs stafetterna och på lördag den klassiska sprinten.
- Det är då det gäller, säger hon.
Magdalena har svarat för flera fina insatser den här säsongen. Två sjundeplatser i sprint i världscupen och som pricken över i:et - tredjeplatsen i teamsprint (Liberec) med Linn Sömskar.
På söndag presenteras truppen till VM i Val di Fiemme, och Magdalena är aktuell för en plats, enligt damernas förbundskapten Rikard Grip.
- Hon har definitivt chansen. Efter ett par motiga säsonger har Magdalena tagit några kliv framåt och presterat riktigt bra.
Magdalena:
- Jag ska göra mitt allra bästa, sen får vi se.