Den amerikanska regeringen lovar också att släppa motsvarande antal fångar från sitt land.
De dryga sex miljarderna är frysta iranska tillgångar som förvarats på sydkoreanska konton. Nu kommer pengarna kunna föras till konton i Qatar utan att riskera att frysas på grund av USA:s sanktioner mot Iran.
USA:s utrikesminister Antony Blinken godkände överenskommelsen i förra veckan, men den amerikanska kongressen fick ingen information förrän på måndagen, enligt nyhetsbyrån AP.