Fallet, som har haft stora politiska konsekvenser, rör ett mord på gränsen mellan Syd- och Nordkorea på en högt uppsatt tjänsteman i fiskenäringen .
Säkerhetschefen Suh Hoon anklagas för att ha förstört underrättelserapporter om mordet på tjänstemannen. Den formella anklagelsen mot honom är en del av Sydkoreas president Yoon Suk-Yeols försök att granska misstänkta fall av mörkläggning och mord under den förre presidenten Moon Jae-Ins mandatperiod.
Den tidigare regeringen uppgav i samband med dödsfallet 2020 att tjänstemannen var på väg att fly Sydkorea och överlämna sig till nordkoreanska myndigheter.
Förre säkerhetschefen Suh Hoon, som också haft en hög internationell profil, greps på lördagsmorgonen lokal tid.