I München marscherade runt 8 000, enligt polisen. De flesta demonstranterna ignorerade stadens påbud att munskydd ska bäras.
Även i Hannover och Wiesbaden förekom större manifestationer.
Förra månaden samlades tiotusentals personer i liknande missnöjesyttringar i Berlin.
Proteströrelsen består av olika grupper. Från självutnämnda "fritänkare" till antivaccinanhängare, konspirationsteoretiker och ytterhögerextremister.
I ett uttalande sade Tysklands förbundskansler Angela Merkel att hon har förståelse för att vissa har problem med restriktionerna. Så länge det går fredligt till har alla rätt att kritisera regeringen, anser hon.