I april inträdde en nedstängning för att förhindra spridningen av coronaviruset i landet, som har över 260 miljoner invånare.
Många mindre hälsokliniker har haft kraftigt förkortade öppentider under nedstängningen – men det har också lett till minskad tillgång till preventivmedel.
Hasto Wardoyo, chef för BKKBN, säger att många indonesier följt myndigheternas råd om att inte lämna sina hem annat än i nödfall.
– Jag antar att människor inte anser att preventivmedel är ett nödfall.
Inte rätt tid
En ökning av nyfödda kan ge ökad barn- och mödradödligheten i ett bräckligt sjukvårdssystem, säger Hasto Wardoyo.
– Om du planerar att bli gravid så är det inte rätt tid nu, är hans budskap till familjerna.
Myndigheten har beräknat antalet nyfödda barn bland annat utifrån hur stor andel av klinikerna som haft brist på preventivmedel.
Indonesien har 18 496 bekräftade fall av smitta och 1 221 dödsfall.
Fortsatt stängt
Landets regionala myndigheter har stor makt att själva besluta om vilka åtgärder som ska sättas in mot smittspridning.
Under tisdagen beslutade huvudstaden Jakarta att nedstängningarna där ska fortsätta till minst den 4 juni. Det innebär bland annat fortsatta begränsningar i kollektivtrafiken och för folksamlingar.
Skolor hålls också stängda liksom de flesta affärer och köpcentrum.
– Ju fler människor som stannar hemma, desto mindre spridning är det. Detta kan vara de sista (restriktionerna), om vi är disciplinerade, säger Anies Baswedan, Jakartas guvernör.