Trots effektiva vacciner och behandlingar som dramatiskt har ökat möjligheterna att överleva viruset, så har utbrottet varit svårt att hantera i landets svårnådda östliga gränsområden.
– Utbrottet var det längsta, mest komplexa och dödligaste i Kongo-Kinshasas historia, säger landets hälsovårdsminister Eteni Longondo.
Samtidigt som utbrottet höll på att ta slut utbröt ett nytt i staden Mbandaka i landets västra delar. Tester har visat att de två utbrotten inte ska vara relaterade med varandra.
– Hälsoministeriet hoppas kunna dra nytta av de lärdomar och framgångsfaktorerna från den här långa epidemin för att möta utbrottet i Mbandaka på bäst sätt, säger Eteni Longondo.
Totalt har 3 463 bekräftade och sannolika fall registrerades under utbrottet i östra Kongo och är det näst största ebolautbrottet någonsin.
Det största rapporterade ebolautbrott inträffade i Västafrika mellan 2013 och 2016, då fler än 11 300 personer dog av sjukdomen i Guinea, Liberia och Sierra Leone.