Det var på sensommaren i fjol som pojken, som är under 18 år, och flickan befann sig på samma adress i centrala Piteå. Enligt åtalet, som assistentåklagare Moa Ejnestrand lämnade in under torsdagen, ska pojken ha hållit fast flickan mot henne vilja och därefter genomfört ett samlag eller en annan sexuell handling som med hänsyn till kränkningens allvar är jämförlig med samlag.
Flickan var vid tillfället i 13-årsåldern.
Pojken åtalas för våldtäkt mot barn i första hand, men Moa Ejnestrand har även ett andrahandsyrkande gällande sexuellt övergrepp mot barn.
"Gärningen ska i vart fall bedömas som sexuellt övergrepp mot barn i enlighet med vad som påståtts ovan", skriver assistentåklagaren och hänvisar till förstahandsyrkandet.
Enligt åtalet var pojken åtminstone oaktsam beträffande omständigheten att flickan var under 15 år.
Pojken förnekar brott.
Moa Ejnestrand har tre vittnen i sin muntliga bevisning. Bland den övriga bevisningen finns bland annat en konversation på Snapchat mellan pojken och flickan samt ett meddelande från pojken till en okänd mottagare som skickades dagen efter som enligt åtalet ska bevisa våldtäkten.
Det finns även ett sakkunnigutlåtande från Nationellt forensiskt centrum avseende en kondom och flickans trosor.
Piteå-Tidningen har sökt assistentåklagare Moa Ejnestrand.