88-årige Lee Man-Hee är ledare för Shincheonjikyrkan, ofta beskriven som en dunkel kult. Han anklagas för att ha vilselett myndigheter kring hur mycket möten och hur många medlemmar kyrkan har.
Dessutom anklagas han för att systematiskt ha förstört bevis, rapporterar nyhetsbyrån Yonhap.
Människor kopplade till kyrkan påstås ha stått för mer än hälften av Sydkoreas 4 000 fall av smittade i coronaviruset i februari, när landet drabbades av ett världens då värsta utbrott.
Lee Man-Hee har försvarat sig med att sektens medlemmar utsätts för stigmatisering och diskriminering om deras religiösa tillhörighet blir känd.
Den 19 juli kopplades fortfarande 38 procent av alla bekräftade fall i landet till sekten, enligt en ansvarig myndighet.
Sydkorea har efter covidutbrottet i februari i mycket kunnat gå tillbaka till det normala, efter att ha fått kontroll på smittspridningen genom omfattande spårning, testning och behandling.