Mannen, som är i 20-årsåldern och skriven på en adress i Älvsbyns kommun, anhölls den 28 april i sin frånvaro. På fredagen häktades mannen på sannolika skäl misstänkt för grov våldtäkt mot barn.
Han och en annan man misstänks för brottet, som ska ha ägt rum under två timmar i en by utanför Älvsbyn den 28 april. Målsägande är en flicka som är under 15 år.
Den andra mannen, även han i 20-årsåldern, kunde gripas redan två dagar efter den misstänkta våldtäkten och häktades i måndags.
Den nu häktade mannen kunde gripas i Ystad efter tips från tysk polis som vid gränskontrollen sett att mannen var efterlyst.
– Den misstänkte tilläts inte inresa till Tyskland och sattes på färjan tillbaka till Sverige. Tysk polis tipsade sedan den svenska polisen som kunde gripa mannen när han gick iland i Ystad, säger åklagaren Jonas Fjellström.
Målsägande och en av de misstänkta är ytligt bekanta med varandra sedan tidigare.
– De är inte nära bekanta men är inte heller okända för varanda, säger Jonas Fjellström som vill poängtera att det inte handlar om en överfallsvåldtäkt.
Mannens advokat vill i dagsläget inte kommentera anklagelserna mot sin klient.
– Han förnekar brott. I övrigt kan jag inte säga någonting innan jag har talat med honom, säger mannens försvarsadvokat Marcus Ström.
Åtal ska vara väckt inom två veckor.