Bilden, ritad av Gerald Scarfe, visar Netamyahu som murar en tegelvägg av blod och sargade palestinier.
Intill teckningen fanns texten: "Israeliska val. Kommer cementerandet av freden att fortsätta?"
Satirteckningen har väckt stor uppmärksamhet och tidningen har anklagats för att ge plats till antisemitism.
Enligt BBC har bland annat Storbritanniens största judiska organisation anmält teckningen till den brittiska pressombudsmannen.
Nu ber också tidningens ägare, mediemogulen Rupert Murdoch, om ursäkt för publiceringen.
"Gerald Scarfe har aldrig återspeglat Sunday Times åsikter. Icke desto mindre är vi skyldiga att be om ursäkt för den groteska och kränkande teckningen" skriver Murdoch på Twitter.